wip

python_app/requirements.txt

@@ -0,0 +1,28 @@
+aenum==3.1.15
+certifi==2023.7.22
+charset-normalizer==3.3.0
+click==8.1.7
+dataclasses-json==0.6.1
+GDAL==3.7.2
+idna==3.4
+marshmallow==3.20.1
+mypy-extensions==1.0.0
+numpy==1.26.1
+oauthlib==3.2.2
+packaging==23.2
+Pillow==10.1.0
+pyproj==3.6.1
+python-dateutil==2.8.2
+requests==2.31.0
+requests-oauthlib==1.3.1
+sentinelhub==3.9.1
+shapely==2.0.2
+six==1.16.0
+tifffile==2023.9.26
+tomli==2.0.1
+tomli_w==1.0.0
+tqdm==4.66.1
+typing-inspect==0.9.0
+typing_extensions==4.8.0
+urllib3==2.0.6
+utm==0.7.0

r_app/CI_report_dashboard_planet.Rmd

@@ -2,7 +2,7 @@
 # title: paste0("CI report week ", week, " - all pivots from ", last_tuesday, " to ", today)
 output:
   word_document:
-    reference_docx: word-styles-reference-03.docx
+    reference_docx: "/Users/mfolkerts/smartCane/word-styles-reference-03.docx"
     # toc: true
 editor_options: 
   chunk_output_type: console
@@ -40,13 +40,13 @@ s2_dir <- "C:/Users/timon/Resilience BV/4002 CMD App - General/4002 CMD Team/400
 
 ```{r week, message=FALSE, warning=FALSE, include=FALSE}
 # week <- 5
-# today = "2023-02-02"
-# week <- week(today)
-# today = "2022-08-18"
-# 
-today = as.character(Sys.Date())
-week = lubridate::week(Sys.time())
-# week = 26
+ today = "2023-10-05"
+ week <- week(today)
+ #today = "2022-08-18"
+ 
+#today = as.character(Sys.Date())
+#week = lubridate::week(Sys.time())
+## week = 26
 title_var <- paste0("CI dashboard week ", week, " - all pivots dashboard using 3x3 meter resolution")
 ```
 

smartcane.sh

@@ -2,28 +2,53 @@
 
 
 # Definieer de directories die aangemaakt moeten worden
-#declare -a dirs=(
-    #"laravel_app/storage/app/extracted_ci/cumulative_vals"
-    #"laravel_app/storage/app/chemba/merged_tif"
-    #"laravel_app/storage/app/chemba/merged_virtual"
-    #"laravel_app/storage/app/chemba/single_images"
-#)
+declare -a dirs=(
+    "laravel_app/storage/app/extracted_ci/cumulative_vals"
+    "laravel_app/storage/app/chemba/merged_tif"
+    "laravel_app/storage/app/chemba/merged_virtual"
+    "laravel_app/storage/app/chemba/single_images"
+)
 #
 ## Loop door de directories en maak ze aan als ze nog niet bestaan,
 ## of maak ze leeg als ze al bestaan
-#for dir in "${dirs[@]}"; do
-    #if [ ! -d "$dir" ]; then
-        #mkdir -p "$dir"
-        #chmod -R 775 "$dir"
-        #echo "Directory $dir is aangemaakt en bijgewerkt."
-    #else
-        ## Verwijder alle inhoud binnen de bestaande directory
-        #find "$dir" -mindepth 1 -delete
-        #echo "Inhoud van directory $dir is verwijderd."
-    #fi
-#done
-## Runnen van Jupyter Notebook 
-#jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb
+for dir in "${dirs[@]}"; do
+    if [ ! -d "$dir" ]; then
+        mkdir -p "$dir"
+        chmod -R 775 "$dir"
+        echo "Directory $dir is aangemaakt en bijgewerkt."
+    else
+        # Verwijder alle inhoud binnen de bestaande directory
+        find "$dir" -mindepth 1 -delete
+        echo "Inhoud van directory $dir is verwijderd."
+    fi
+done
+## Runnen van Jupyter Notebook
+# Directory waar de virtuele omgeving zal worden aangemaakt
+VENV_DIR="./python_app/myenv"
+
+# Controleer of de virtuele omgeving al bestaat
+if [ ! -d "$VENV_DIR" ]; then
+    echo "Virtuele omgeving bestaat niet. Aan het aanmaken..."
+    python3 -m venv "$VENV_DIR"
+else
+    echo "Virtuele omgeving bestaat al."
+fi
+
+# Activeer de virtuele omgeving
+source "$VENV_DIR/bin/activate"
+
+# Installeer of update de benodigde pakketten
+if [ -f "requirements.txt" ]; then
+    echo "Requirements aan het installeren of bijwerken..."
+    pip install --upgrade -r python_app/requirements.txt
+else
+    echo "Geen requirements.txt bestand gevonden."
+fi
+
+# Hier kan je verdere stappen toevoegen, zoals het uitvoeren van je Python-script of Jupyter Notebook
+jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb
+# Deactiveer de virtuele omgeving (optioneel)
+deactivate
 ## Runnen van R scripts 
 # Kopieer de excel file met harvesting data en maak directory aan indien nodig
 #mkdir -p laravel_app/storage/app/harvesting_data
@@ -34,5 +59,5 @@
 #
 ## Runnen van Rmd bestand
 # -e betekent "evalueren" en -i specificeert de input file
-Rscript -e "rmarkdown::render('r_app/CI_Report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"
+#Rscript -e "rmarkdown::render('r_app/CI_Report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"