#!/bin/bash
# Directory waar de virtuele omgeving zal worden aangemaakt
VENV_DIR="./python_app/myenv"

# Activeer de virtuele omgeving
source "$VENV_DIR/bin/activate"

# Hier kan je verdere stappen toevoegen, zoals het uitvoeren van je Python-script of Jupyter Notebook
jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb

# Deactiveer de virtuele omgeving (optioneel)
deactivate
## Runnen van R scripts 
# Kopieer de excel file met harvesting data en maak directory aan indien nodig
cd r_app
Rscript 1_harvest_data_EcoFarm_v2.R
Rscript 2_CI_data_prep.R
#
## Runnen van Rmd bestand
# -e betekent "evalueren" en -i specificeert de input file
Rscript -e "rmarkdown::render('CI_Report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"
cd ..