#!/bin/bash


# Definieer de directories die aangemaakt moeten worden
declare -a dirs=(
    "laravel_app/storage/app/extracted_ci/cumulative_vals"
    "laravel_app/storage/app/chemba/merged_tif"
    "laravel_app/storage/app/chemba/merged_virtual"
    "laravel_app/storage/app/chemba/single_images"
)
#
## Loop door de directories en maak ze aan als ze nog niet bestaan,
## of maak ze leeg als ze al bestaan
for dir in "${dirs[@]}"; do
    if [ ! -d "$dir" ]; then
        mkdir -p "$dir"
        chmod -R 775 "$dir"
        echo "Directory $dir is aangemaakt en bijgewerkt."
    else
        # Verwijder alle inhoud binnen de bestaande directory
        find "$dir" -mindepth 1 -delete
        echo "Inhoud van directory $dir is verwijderd."
    fi
done
## Runnen van Jupyter Notebook
# Directory waar de virtuele omgeving zal worden aangemaakt
VENV_DIR="./python_app/myenv"

# Controleer of de virtuele omgeving al bestaat
if [ ! -d "$VENV_DIR" ]; then
    echo "Virtuele omgeving bestaat niet. Aan het aanmaken..."
    python3 -m venv "$VENV_DIR"
else
    echo "Virtuele omgeving bestaat al."
fi

# Activeer de virtuele omgeving
source "$VENV_DIR/bin/activate"

# Installeer of update de benodigde pakketten
if [ -f "python_app/requirements.txt" ]; then
    echo "Requirements aan het installeren of bijwerken..."
    pip install --upgrade -r python_app/requirements.txt
else
    echo "Geen requirements.txt bestand gevonden."
fi

# Hier kan je verdere stappen toevoegen, zoals het uitvoeren van je Python-script of Jupyter Notebook
jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb
# Deactiveer de virtuele omgeving (optioneel)
deactivate
## Runnen van R scripts 
# Kopieer de excel file met harvesting data en maak directory aan indien nodig
#mkdir -p laravel_app/storage/app/harvesting_data
#cp "Current - Pivots planting date and harevsting data.xlsx" "laravel_app/storage/app/harvesting_data/"
#Rscript r_app/1_harvest_data_EcoFarm_v2.R
#cp "pivot_20210625.geojson" "laravel_app/storage/app/Data"
#Rscript r_app/2_CI_data_prep.R
#
## Runnen van Rmd bestand
# -e betekent "evalueren" en -i specificeert de input file
#Rscript -e "rmarkdown::render('r_app/CI_Report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"