#!/bin/bash


# Definieer de directories die aangemaakt moeten worden
#declare -a dirs=(
    #"laravel_app/storage/app/extracted_ci/cumulative_vals"
    #"laravel_app/storage/app/chemba/merged_tif"
    #"laravel_app/storage/app/chemba/merged_virtual"
    #"laravel_app/storage/app/chemba/single_images"
#)
#
## Loop door de directories en maak ze aan als ze nog niet bestaan,
## of maak ze leeg als ze al bestaan
#for dir in "${dirs[@]}"; do
    #if [ ! -d "$dir" ]; then
        #mkdir -p "$dir"
        #chmod -R 775 "$dir"
        #echo "Directory $dir is aangemaakt en bijgewerkt."
    #else
        ## Verwijder alle inhoud binnen de bestaande directory
        #find "$dir" -mindepth 1 -delete
        #echo "Inhoud van directory $dir is verwijderd."
    #fi
#done
## Runnen van Jupyter Notebook 
#jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb
## Runnen van R scripts 
# Kopieer de excel file met harvesting data en maak directory aan indien nodig
#mkdir -p laravel_app/storage/app/harvesting_data
#cp "Current - Pivots planting date and harevsting data.xlsx" "laravel_app/storage/app/harvesting_data/"
#Rscript r_app/1_harvest_data_EcoFarm_v2.R
#cp "pivot_20210625.geojson" "laravel_app/storage/app/Data"
#Rscript r_app/2_CI_data_prep.R
#
## Runnen van Rmd bestand
# -e betekent "evalueren" en -i specificeert de input file
Rscript -e "rmarkdown::render('r_app/CI_Report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"