#!/bin/bash

output_file=${1:-"standaard_naam.html"}
ref=${2:-"word-styles-reference-03.docx"}
# Directory waar de virtuele omgeving zal worden aangemaakt
#VENV_DIR="./python_app/myenv"

# Activeer de virtuele omgeving
#source "$VENV_DIR/bin/activate"

# Hier kan je verdere stappen toevoegen, zoals het uitvoeren van je Python-script of Jupyter Notebook
#jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb

# Deactiveer de virtuele omgeving (optioneel)
#deactivate
## Runnen van R scripts 
# Kopieer de excel file met harvesting data en maak directory aan indien nodig
cd r_app
#Rscript 1_harvest_data_EcoFarm_v2.R
Rscript 2_CI_data_prep.R
#
## Runnen van Rmd bestand
# -e betekent "evalueren" en -i specificeert de input file
#Rscript -e "rmarkdown::render('CI_report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"
Rscript -e "rmarkdown::render('CI_report_dashboard_planet.Rmd', output_file='$output_file', params=list(ref='$ref'))"
cd ..