66 lines
2.2 KiB
Bash
Executable file
66 lines
2.2 KiB
Bash
Executable file
#!/bin/bash
|
|
|
|
|
|
# Definieer de directories die aangemaakt moeten worden
|
|
declare -a dirs=(
|
|
"laravel_app/storage/app/extracted_ci/cumulative_vals"
|
|
"laravel_app/storage/app/chemba/merged_tif"
|
|
"laravel_app/storage/app/chemba/merged_virtual"
|
|
"laravel_app/storage/app/chemba/single_images"
|
|
)
|
|
#
|
|
## Loop door de directories en maak ze aan als ze nog niet bestaan,
|
|
## of maak ze leeg als ze al bestaan
|
|
for dir in "${dirs[@]}"; do
|
|
if [ ! -d "$dir" ]; then
|
|
mkdir -p "$dir"
|
|
chmod -R 775 "$dir"
|
|
echo "Directory $dir is aangemaakt en bijgewerkt."
|
|
else
|
|
# Verwijder alle inhoud binnen de bestaande directory
|
|
find "$dir" -mindepth 1 -delete
|
|
echo "Inhoud van directory $dir is verwijderd."
|
|
fi
|
|
done
|
|
## Runnen van Jupyter Notebook
|
|
# Directory waar de virtuele omgeving zal worden aangemaakt
|
|
VENV_DIR="./python_app/myenv"
|
|
|
|
# Controleer of de virtuele omgeving al bestaat
|
|
if [ ! -d "$VENV_DIR" ]; then
|
|
echo "Virtuele omgeving bestaat niet. Aan het aanmaken..."
|
|
python3 -m venv "$VENV_DIR"
|
|
else
|
|
echo "Virtuele omgeving bestaat al."
|
|
fi
|
|
|
|
# Activeer de virtuele omgeving
|
|
source "$VENV_DIR/bin/activate"
|
|
|
|
# Installeer of update de benodigde pakketten
|
|
if [ -f "python_app/requirements.txt" ]; then
|
|
echo "Requirements aan het installeren of bijwerken..."
|
|
pip install --upgrade -r python_app/requirements.txt
|
|
else
|
|
echo "Geen requirements.txt bestand gevonden."
|
|
fi
|
|
|
|
# Hier kan je verdere stappen toevoegen, zoals het uitvoeren van je Python-script of Jupyter Notebook
|
|
jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb
|
|
|
|
# Deactiveer de virtuele omgeving (optioneel)
|
|
deactivate
|
|
## Runnen van R scripts
|
|
# Kopieer de excel file met harvesting data en maak directory aan indien nodig
|
|
mkdir -p laravel_app/storage/app/harvesting_data
|
|
cp "Current - Pivots planting date and harevsting data.xlsx" "laravel_app/storage/app/harvesting_data/"
|
|
cp "pivot_20210625.geojson" "laravel_app/storage/app/Data"
|
|
cd r_app
|
|
Rscript 1_harvest_data_EcoFarm_v2.R
|
|
Rscript 2_CI_data_prep.Ra
|
|
#
|
|
## Runnen van Rmd bestand
|
|
# -e betekent "evalueren" en -i specificeert de input file
|
|
Rscript -e "rmarkdown::render('CI_Report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"
|
|
cd ..
|