39 lines
1.4 KiB
Bash
Executable file
39 lines
1.4 KiB
Bash
Executable file
#!/bin/bash
|
|
|
|
|
|
# Definieer de directories die aangemaakt moeten worden
|
|
#declare -a dirs=(
|
|
#"laravel_app/storage/app/extracted_ci/cumulative_vals"
|
|
#"laravel_app/storage/app/chemba/merged_tif"
|
|
#"laravel_app/storage/app/chemba/merged_virtual"
|
|
#"laravel_app/storage/app/chemba/single_images"
|
|
#)
|
|
#
|
|
## Loop door de directories en maak ze aan als ze nog niet bestaan,
|
|
## of maak ze leeg als ze al bestaan
|
|
#for dir in "${dirs[@]}"; do
|
|
#if [ ! -d "$dir" ]; then
|
|
#mkdir -p "$dir"
|
|
#chmod -R 775 "$dir"
|
|
#echo "Directory $dir is aangemaakt en bijgewerkt."
|
|
#else
|
|
## Verwijder alle inhoud binnen de bestaande directory
|
|
#find "$dir" -mindepth 1 -delete
|
|
#echo "Inhoud van directory $dir is verwijderd."
|
|
#fi
|
|
#done
|
|
## Runnen van Jupyter Notebook
|
|
#jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb
|
|
## Runnen van R scripts
|
|
# Kopieer de excel file met harvesting data en maak directory aan indien nodig
|
|
#mkdir -p laravel_app/storage/app/harvesting_data
|
|
#cp "Current - Pivots planting date and harevsting data.xlsx" "laravel_app/storage/app/harvesting_data/"
|
|
#Rscript r_app/1_harvest_data_EcoFarm_v2.R
|
|
#cp "pivot_20210625.geojson" "laravel_app/storage/app/Data"
|
|
#Rscript r_app/2_CI_data_prep.R
|
|
#
|
|
## Runnen van Rmd bestand
|
|
# -e betekent "evalueren" en -i specificeert de input file
|
|
Rscript -e "rmarkdown::render('r_app/CI_Report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"
|
|
|