27 lines
956 B
Bash
Executable file
27 lines
956 B
Bash
Executable file
#!/bin/bash
|
|
|
|
output_file=${1:-"standaard_naam.html"}
|
|
ref=${2:-"word-styles-reference-03.docx"}
|
|
# Directory waar de virtuele omgeving zal worden aangemaakt
|
|
#VENV_DIR="./python_app/myenv"
|
|
|
|
# Activeer de virtuele omgeving
|
|
#source "$VENV_DIR/bin/activate"
|
|
|
|
# Hier kan je verdere stappen toevoegen, zoals het uitvoeren van je Python-script of Jupyter Notebook
|
|
#jupyter nbconvert --execute --to script --stdout python_app/Chemba_download.ipynb
|
|
|
|
# Deactiveer de virtuele omgeving (optioneel)
|
|
#deactivate
|
|
## Runnen van R scripts
|
|
# Kopieer de excel file met harvesting data en maak directory aan indien nodig
|
|
cd r_app
|
|
#Rscript 1_harvest_data_EcoFarm_v2.R
|
|
Rscript 2_CI_data_prep.R
|
|
#
|
|
## Runnen van Rmd bestand
|
|
# -e betekent "evalueren" en -i specificeert de input file
|
|
#Rscript -e "rmarkdown::render('CI_report_dashboard_planet.Rmd', 'all')"
|
|
Rscript -e "rmarkdown::render('CI_report_dashboard_planet.Rmd', output_file='$output_file', params=list(ref='$ref'))"
|
|
cd ..
|