55 lines
1.3 KiB
R
55 lines
1.3 KiB
R
library(sf)
|
|
library(terra)
|
|
library(tidyverse)
|
|
library(lubridate)
|
|
library(exactextractr)
|
|
library(readxl)
|
|
|
|
|
|
# Vang alle command line argumenten op
|
|
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
|
|
|
|
# Controleer of er ten minste één argument is doorgegeven
|
|
if (length(args) == 0) {
|
|
stop("Geen argumenten doorgegeven aan het script")
|
|
}
|
|
|
|
# Converteer het eerste argument naar een numerieke waarde
|
|
end_date <- as.Date(args[1])
|
|
if (is.na(end_date)) {
|
|
end_date <- lubridate::dmy("28-08-2024")
|
|
}
|
|
|
|
offset <- as.numeric(args[2])
|
|
# Controleer of weeks_ago een geldig getal is
|
|
if (is.na(offset)) {
|
|
# stop("Het argument is geen geldig getal")
|
|
offset <- 7
|
|
}
|
|
|
|
week <- week(end_date)
|
|
# Converteer het tweede argument naar een string waarde
|
|
project_dir <- as.character(args[3])
|
|
|
|
# Controleer of data_dir een geldige waarde is
|
|
if (!is.character(project_dir)) {
|
|
project_dir <- "chemba"
|
|
}
|
|
new_project_question = FALSE
|
|
|
|
source("parameters_project.R")
|
|
source("ci_extraction_utils.R")
|
|
|
|
|
|
|
|
raster_files <- list.files(merged_final,full.names = T, pattern = ".tif")
|
|
|
|
# Load all raster files
|
|
rasters <- lapply(raster_files, function(file) {
|
|
r <- rast(file)
|
|
r[[which(names(r) == "CI")]] # Select the CI band
|
|
})
|
|
# Calculate the maximum CI per pixel
|
|
max_ci_raster <- do.call(terra::app, c(rasters, fun = mean, na.rm = TRUE))
|
|
plot(max_ci_raster)
|